《西游记》里，观音的实力大体上和如来在一个层次。（本文只谈西游记，不涉及其他。）
最后一回，诸众佛祖、菩萨、圣僧、罗汉等念的一众佛和菩萨的名字，并不能真实的反应观音的排名，如第四名提到的南无过去未来现在佛，其实是过去佛、现在佛和未来佛三个的合称。所以题主提到的观音在佛教排名第49位是不准确的。
不过观音排在唐僧和孙悟空之后，确是事实。为什么会出现这种情况呢？
在西游世界里，神仙的等级可以分为天仙、地仙、神仙、人仙和鬼仙五个等级。孙悟空和六耳猕猴到西天时，如来对众人说：
“周天之内有五仙：乃天、地、神、人、鬼。”
可知西游里最高等级的神仙是天仙，包括三清、玉帝、四御和五方五老等。
三清是：
1.玉清元始天尊；
2.上清灵宝天尊；
3.太清道德天尊（太上老君）；
三清之下是玉帝，玉帝的全称是“高天上圣大慈仁者玉皇大天尊玄穹高上帝”。
玉皇大帝有四位助手，称四御，分别是：
1.北方有北极紫微大帝，总领万星；
2.南方有南极长生大帝，总御万灵；
3.西方有太极天皇大帝，总御万神；
4.东方曰东极青华大帝，总御万类；
三清四御之下是五老：
1.西天佛老；
2.南方南极观音；
3.东方崇恩圣帝；
4.北方北极玄灵；
5.中央黄极黄角大仙。
五老中，如来和观音是并列的，可见两个人的实力相当，他们都是或者是名义上听命于玉帝的。
在第七回，如来将孙猴子压在五行山后，玉帝请如来停留一日，参加宴会，表示感谢。书中写道：
如来不敢违悖，即合掌谢道：“老僧承大天尊宣命来此，有何法力？还是天尊与众神洪福，敢劳致谢？”
注意这里如来说的是“宣命来此”，在此之前，玉帝命人去灵山请如来时，如来对众人说，他要去救驾。“宣命”“与“救驾”，已经非常清楚表明二者的关系了。
既然如来和观音在三界的地位大体相当，为什么一个是佛，另一个是菩萨呢？
西游世界里，如来一直在打压观音的发展。
举个例子：安天大会后年，如来要将自己的三藏真经传播出去，他选择的地点是南赡部洲，这本来是观音的地盘，人们信仰是观音，观音在南赡部洲的影响非常大——
在长安，人们见到观音现身时，
“喜的个唐太宗，忘了江山；爱的那文武官，失却朝礼；盖众多人，都念南无观世音菩萨”。
唐僧和孙悟空经过的观音禅院，老院主也是观音菩萨的信徒。
可见，观音菩萨在南赡部洲的影响还是蛮大的。但是如来要扩大自己的影响，恰恰选中了观音的地盘，其理由也比较牵强，他是这么说的：
“东胜神洲者，敬天礼地，心爽气平；北俱芦洲者，虽好杀生，只因糊口，性拙情疏，无多作践；我西牛贺洲者，不贪不杀，养气潜灵，虽无上真，人人固寿；但那南赡部洲者，贪淫乐祸，多杀多争。”
如来要传播自己的思想，扩大自己的信众，给出的理由是观音的南瞻部洲，人们贪图淫乐，爱杀爱抢，人们道德素质低下，急需三藏真经度化。
在如来的口中，灵山所在的西牛贺洲，人们不贪不杀，素质极高。实际上呢？西牛贺洲发生了西游世界里最惨的事情，如来的舅舅大鹏将狮驼国从国王到百姓全吃了。西牛贺洲更是需要教化的，结果如来不闻不问，直到悟空找上山来才出手。
观音对如来的扩张，无力阻止，于是改换策略，为取经积极奔走，她的目的是将取经人争取到自己的阵营，结果她做到了，观音在唐僧师徒的心里的地位应该是高于如来的。
